但不久后孟皇后养母听宣夫人燕氏、尼姑法端与供奉官王坚为皇后祷祠祈福的事被郝随得知，便向赵煦奏说孟皇后在宫中行巫，甚至有意制造内变。于是赵煦诏入内押班梁从政、管当御药院苏珪等人制狱查办，捕逮了皇后宫中宦者、宫女三十多人，严刑拷问，宫人肢体毁折，甚至还有断舌者。绍圣三年九月，赵煦终于下诏废后，命孟皇后出居被废妃嫔出家所居的瑶华宫，号华阳教主、玉清妙静仙师，法名冲真。接着赵煦进封刘婕妤为贤妃，待元符二年刘贤妃生下一位皇子后便将她封为皇后。
但这位皇子赵茂太短命，没活多久便一命呜呼了。赵煦也在元符三年他二十五岁时驾崩，向太后便选了赵煦的弟弟赵佶即位为帝。
赵佶与那时的王皇后都对孟皇后这位嫂嫂敬重有加，赵佶即位当年五月就下诏自瑶华宫迎回了孟皇后，尊她为元祐皇后，刘皇后则被尊为元符皇后。
孟皇后再度入宫后仍如在瑶华宫时一样，与世无争、清心寡欲地生活着，与王皇后相处融洽、相知相惜。但刘皇后与郝随却因此相当不安，郝随便极力鼓动辅政大臣蔡京设法再把孟皇后废掉。蔡京亦指使党羽上疏，众大臣纷纷附议，赵佶无奈之下只好同意废孟皇后的皇