平衡训练从走竹竿开始，当能够在滚圆的竹竿上行走而不滑下，就将竹竿逐渐升高，最终要升到三四十尺高，达到奔跑跳跃如履平地的境界，这样就能在树上屋顶及墙头上下攀援，行走如飞。
灵敏的训练也是如此跳过插着刀片的绳子，在布满利刃枪尖的狭道中拐弯抹角急速穿行。
持久及力量的训练最为艰苦，如双手挂在树上，支持全身，下面放满暗器，不容你松手跳下，以恐惧来激发体内的潜能作长久的支持。长跑更是忍者的基本功，要求连续跑上五十公里路而不停下来休息，日行百里是家常便饭。
至于特殊技巧训练就更令人吃惊。除了上述说过的，还有徒手搏斗，投毒解毒等。化装术更是忍者的特长，他们能制造人皮假脸，改换性别，忍者真可为“千面人”。
还有隐匿术，忍者在光天化日之下突然消失就是一种，哪个忍者在林中事先挖好一个地洞，洞里铺上草灰，洞外盖上枯草，当他窜入小树林后，一跃遁入地洞，无声无息。
当然上面所说的这些都是最基础的东西，男人学习忍术就要先将自己的身体练的如钢似铁，女人则必须要柔韧无比。打好基础之后，才开始招式和精神上的修炼。
精神修炼：忍术和其他武术流派强调体质训练不同，它也强调精神上的修炼，并将其整个的训练体系，建立在超乎想象的精神修炼基础上。
因为忍者所执行的大多是一去不回的高风险性任务，独自一人在敌人的巢穴中完成任务要克服对死亡孤独黑暗乃至于饥饿寒冷伤病等诸多困难，所以拥有强大的精神力量，是忍术之所以无坚不摧的真正原因。
作为一名忍者家族的后代，一经降生就必须接受残酷的命运现实或者成为忍者，或者死。忍者从很小的时候起，就被灌输以对主人绝对忠诚的思想：除了自己的主人，任何人命令都不会听哪怕是日本天皇也不行。
通过从小开始这种精神洗脑而打造出的忍者比任何的宗教信徒都更加狂热，更加无所畏惧。不过忍者也不是像邪教徒一样的僵尸般的战士，它有着一套切实可行的强大精神力量的训练方法。这种技术才是忍术的秘中之秘，它就是东密的修行。
东密和我国的藏密，印度的杂密一样，是佛教中密宗的一个支派，而且东密对于人体念力的开发，向来有着自己独特的传承，在密教界一直以显着快捷著称，忍者通过东密秘法的修习，锤炼自己的意志，精神变得无比纯粹和坚韧，体内的潜能将得到最大限度的开发。可以完全除去心灵的迷惑和恐惧，全神贯注的投入战斗。
此外密宗认为人的身体有许多奥秘和潜能，只要通过密宗法门的不懈努力就能使修行者发挥全部潜力，让身体与宇宙沟通达到天人和一的境界，这和忍者追求的极限体术不谋而合。
密宗视大日如来为万物之主，极力推崇传承真言和密咒。忍者经常会做出许多古怪的手势，那便是在表述东密主要修法之一的“九字秘印”：“临兵斗者皆阵列在前”这九字真言。
而在体质训练的时候，忍术对于身体训练的强度也是非常残忍的，忍术所包括的内容，每一项忍者都必须精通。
并且每项训练，都全是死亡淘汰赛，无法承受的人是不允许生存的。除了常规训练外，忍术还包括多种“怪力训练”，忍者通过它进一步磨练意志，忍耐力，生存能力等等。
这种怪力训练诸如连续数天不食不动，杀死自己的同伴，以及与猛兽搏斗等，是令人难以想象的。通过这些死亡率极高毫无人性的修行，忍者从精神到ròu_tǐ都实现了超人的飞越。获得了超越常人的毅力耐力战斗力。通过忍术的训练而幸存的忍者，个个都是一部绝对可靠的全功率战斗机器。